Nízkoenergiová elektronová mikroskopie je jedinečná metoda pro pozorování povrchových jevů v reálném čase. Umožňuje také určení uspořádání povrchových atomů nebo molekul v podmínkách ultravysokého vakua. V CEITEC laboratoři je přímo spojena s STM a XPS metodami, což umožňuje komplexní studování povrchů.